Od 968 roku (początkowo jako Żytyce, Zeiz) aż do reformacji Naumburg (Saale) był siedzibą biskupa. W 1012 roku, kiedy to na skrzyżowaniu dróg handlowych powstał zamek margrabiów miśnieńskich. W 1021 zbudowano tu klasztor, a później na jego miejscu powstała katedra. W roku 1028 miasto otrzymało prawo do organizowania targu (prawo kupieckie). W 1144 miało miejsce nadanie praw miejskich. Od 1565 roku miasto leżało w granicach Elektoratu Saksonii, a od 1657 stanowiło część terytorialnie niewielkiego Księstwa Saksonii-Zeitz. W latach 1718–1763 w granicach unijnego państwa polsko-saskiego, a w latach 1807–1815 wraz z Królestwem Saksoniiunią z Księstwem Warszawskim.
W 1815 roku Naumburg przeszedł pod władanie Prus. Z kolei w 1846 roku został przyłączony do linii kolejowej z Halle (Saale) do Erfurtu. W 1892 roku w mieście wybudowano linię tramwajową, którą była początkowo napędzana silnikiem parowym, a w roku 1907 przestawiono się na napęd elektryczny.
W czasach Niemieckiej Republiki Demokratycznej wybudowano w mieście zakłady budowy maszyn, rozwinięto przemysł metalowy, farmaceutyczny oraz obuwniczy.
Zabytki
Katedra św. Piotra i Pawła – późnoromańsko-wczesnogotycka świątynia wzniesiona na miejscu dawnej wczesnoromańskiej. Chór zachodni został wybudowany w 1250, a w XIV wieku rozbudowano chór wschodni. W latach 1960–1968 katedra została gruntownie odrestaurowana. Wewnątrz katedry zachował się bezcenny wystrój wnętrza, który tworzą dzieła gotyckiej rzeźby, w tym dzieła związane z Mistrzem Naumburskim i jego strzechą. Są to: Grupa Ukrzyżowania i cykl pasyjny oraz figury dobrodziejów pierwotnej katedry (m.in. Ekkeharda i Uty, Hermana i Regelindy). Jej budowę zaczęto przed 1213 rokiem.
Kościół św. Wacława(inne języki) – późnogotycki kościół z bogatym barokowym wystrojem wnętrza
Ratusz(inne języki) – manierystyczny z XVII w., przy rynku